Az elnyomásra vonatkozó bizonyítékok
Míg Észak-Amerikában méltatta az alapvető emberi jogokat, II. János Pál Latin-Amerikában túlnyomórészt katolikus hallgatósága előtt elítélte a protestánsokat, és azt a nézetet, miszerint az embernek joga van szabadon megválasztania vallását. Azoknak, akik nem voltak hajlandók Rómát elfogadni, az elnyomással, az üldöztetéssel, sőt a kivégzéssel kellett szembe nézniük. Például a IX. Piusz és Equador közötti 1862. szeptember 26-i konkordátum a római katolicizmust államvallássá tette, és egyben megtiltotta minden más vallás gyakorlását. Az
egész oktatást „az egyház szigorú kontrollja” alá helyezték. Egy későbbi törvény kimondta, hogy „csak katolikusok tekinthetők Equador állampolgárainak”.
A következő évben a szomszédos Kolumbia viszont törvénybe iktatta a vallásszabadságot, megnyirbálta a római katolikus egyház oktatási területen lévő monopóliumát, és nem nézte jó szemmel a katolikus egyház oly régóta élvezett kiváltságos helyzetét. IX. Piusz pápa mérgesen reagált. 1863. szeptember 17-én az Incredibili Afflictamur elnevezésű enciklikájában ostorozta a Kolumbiában bevezetett „gyalázatos és gonosz” törvényeket, különösen a „nem katolikus szekták istentiszteleteinek” engedélyezését helytelenítette. A pápai írás megerősítette saját hatalmát az egész nemzet fölött, megadva magának azt a jogot is, hogy hatálytalanítsa Kolumbia törvényeit:
Az apostoli hatalom által elítélünk minden ilyen törvényt és rendelkezést, és ugyanezzel a hatalommal élve eltöröljük és semmisnek nyilvánítjuk ezeket.
Kolumbia ekkor nem sok figyelmet szentelt a pápának. Azonban 1948-ban egy új, a katolicizmust támogató kormány került hatalomra. Megkötött a Vatikánnal egy konkordátumot, és ezáltal intézményesítette azt az elnyomást, amit IX. Piusz korábban követelt. Tíz év alatt sok keresztényt megöltek a hitéért, számos protestáns templomot gyújtottak fel, kb. 200 protestáns iskolát zárattak be és a protestánsok evangélizációs munkáját az ország legnagyobb részén betiltották. Ma is megölik a hitükért a protestánsokat Mexikóban és Latin-Amerika más részein. Otthonokat és templomokat rombolnak le, és a mexikói Chiapas területen tízezer indián hívőt kergettek el falvaikból és földjeikről. Róma nem változott, bár korlátozódott lehetősége az elnyomásra.