A római provinciában, ahol a pápa még mindig hatalmon volt, az emberek többsége az idegen befolyástól és a pápai ellenőrzéstől mentes, független olasz államot óhajtotta. IX. Piusz kegyetlenül megtorolta: olaszok százait végeztette ki, akik azt az eretnek nézetet vallották, hogy az államhatalomnak az egyház uralmától mentesnek kell lennie.
Hozzávetőlegesen 8000 embert záratott be a pápai börtönökbe embertelen körülmények közé, „sokukat a falhoz láncoltatott, és semmilyen testmozgást nem engedélyezett számukra, még szükségüket is ott kellett elvégezniük. IX. Piusz börtöneit az angol nagykövet ‘Európa szégyenének’ nevezte”. Egy szemtanú a következőképpen írja le a pápai tévedhetetlenségnek ezt az emlékművét:
"Ezek a nyomorult foglyok hajnaltól éjszakáig csüngtek szörnyűséges lakhelyük vaskorlátjaihoz láncolva, és állandóan alamizsnáért könyörögtek az arra járóhoz Isten nevében. Ilyen egy pápai börtön! Még amikor ezeket írom, akkor is elkezdek remegni...; emberi lények voltak egymás hegyén-hátán rongyokban, és a férgek teljesen ellepték őket."
Az Inkvizíció palotája Rómában még mindig áll a Vatikán szomszédságában, és jóllehet ugyanannak a hírhedt intézménynek a főhadiszállása, ma már a Hit Doktrínájának Kongregációja névvel illetik. Ezt a gyűlöletes épületet a csőcselék már porig leégette volna, amikor IX. Piuszt Róma trónjától megfosztotta, ha az új kormány rá nem veszi az embereket, hogy mégse tegyék. így maradt fenn az épület „jótékonysági célokra”. A nyilvánosság előtt is megnyitották, hogy az oda
látogatók „bepillantást nyerhessenek saját szemükkel a pápai rendszer titkos működésébe”. Egy szemtanú a látogatók elszörnyedéséről számol be a következő részben:
"Nem volt szükség semmi bizonyítékra ahhoz, hogy tudják: az egyház államaiban az egyetlen bűn a vallási és politikai téren való liberális gondolkodás az alapvető emberi szabadság pártfogolása volt. Azt is nagyon jól tudták, hogy barátaikat és rokonaikat eltüntették és börtönökbe zárták. Amikor ezek a börtönajtók megnyíltak, a csontig lesoványodott eretnekek látványa a kegyetlen szenvedés és kínzás szomorú történeteit mesélte el."