A mindenhatóság álcája
A római katolikus egyház nem csak vallási okokból kifolyólag harcolt a protestáns egyház ellen. A reformációnak azok a gondolatai, amelyeket több mint egy évezreden át sikerült elfojtani, most már rendkívül gyorsan terjedtek: felmerült a lelkiismereti szabadság, a vallásszabadság, valamint az alapvető emberi jogok igénye. A szabadság vágya az egyszerű emberek körében is egyre jobban terjedt. Semmi sem volt ennyire utálatos a Vatikán szemében, ugyanis ez alapjait rengette meg. Egy XIX. századi történész így ír XII. Kelemennel (1730-40) kapcsolatban:
"Ahogy az apostoli trónra került, elődjéhez [XIII. Benedekhez (1724-30)] hasonlóan, a demokratikus nézetek ellenségének vallotta magát - jóllehet azok már a társadalom minden rétegébe beszivárogtak -, és kijelentette, hogy mindenható, és hogy ő a középkor főpapja."
Ötven évvel később Thomas Jefferson elismerését fejezte ki, hogy az Egyesült Államok polgárainak sikerült felszámolniuk „azt a vallási intoleranciát, amely alatt az emberiség olyan sokáig vérzett és szenvedett”, és szorgalmazta „a közvélemény józanságának, a vallásszabadságnak és a sajtószabadságnak” megőrzését. Ez a szabadság a reformáció gyümölcse volt. Jefferson után 100 évvel IX. Piusz még mindig ennek pontosan az ellenkezőjét remélte: a római katolicizmus ottani megerősödését, amely végül majd az Egyesült Államokat is katolikus nemzetté teszi, és így annak minden polgára élvezheti majd a római
uralom áldásait.
Az Egyesült Államok római katolikus hierarchiájának II. országos zsinatját 1866-ban tartották Baltimore-bán. A zsinaton a pápa képviselője, Spalding, baltimore-i érsek mint „apostoli küldött” elnökölt, és a zsinat rámutatott a protestáns és a katolikus államforma különbségeire, ahogyan ez az Egyesült Államok, illetve a latin-amerikai országok területén megvalósult. Ezzel kapcsolatban megjegyezték, hogy míg az első irányvonala és hatalma az emberek szavazataiból származik, az utóbbi teljes mértékben a pápára mint legfőbb tekintélyre tekint, és az ő utasításának engedelmeskedik. Az egyik kommentátor megjegyezte:
A két rendszer tökéletes ellentmondásban áll egymással. A protestánsok elválasztották az államot az egyháztól, a pápai törekvések viszont ennek a kettőnek az újraegyesítésére irányulnak. A protestánsok intézményeiket az emberek akaratára alapozták, míg a pápai irányvonal az, hogy ezek a pápa akaratával összhangban épüljenek. A protestánsok biztosítják a vallásszabadságot, a pápa viszont megköveteli, hogy minden ember adja fel lelkiismereti meggyőződését, és az egyházi méltóságban levőkét fogadja el.
A nemzeti zsinat, amelynek tagjai minden valószínűség szerint hűséges amerikai polgárok voltak, egyhangúan annak a nézetnek adott hangot, hogy örömmel fogadnának egy katolikus államberendezkedést, és kifejezték, hogy teljes mértékben alávetik magukat a pápai tekintélynek. IX. Piusznak pedig „hosszú életet” kívántak, és „a Szentszék ősi és szent jogainak megőrzésére” buzdították. A pápa tetszését annyira elnyerte ennek a néhány amerikainak a lojalitása, hogy követendő példaként állította saját lázadó alattvalói elé17. IX. Piusz úgy tervezte, hogy az I. vatikáni zsinat kimondja majd a pápa tévedhetetlenségét, az itáliai pápai birodalom azonban omladozott.