Ekkor már százak és százak érkeztek Chicagóba, hogy részt vegyenek Dowie összejövetelein. Ennek következtében elég körülményes volt szállást találni a városban, így Dowie több tágas épületet is - a Gyógyulás Otthonainak nevezte ezeket - megnyitott a jövevények számára. Ezeken a helyeken a gyógyulásért jött betegek menedékre találtak és megpihenhettek a Sión Sátorban tartott istentiszteletek közötti szünetekben. Állandó szolgálatban is részesültek itt: addig hallgatták az Igét, míg el nem jutottak a hitnek olyan szintjére, ahol már csak a teljes gyógyulásuk volt hátra. A sajtó azonban - a Chicago Dispatch című újsággal az élen - könyörtelen volt. Az „otthonokat” elmegyógyintézetnek nevezték, és minden elképzelhető hazugságot összehordtak.
Dowie ellenségei úgy vélték, hogy ezekkel a gyógyító otthonokkal végre sebezhető pontra találtak. 1895 elején letartóztatták azzal a váddal, hogy „jogosulatlan gyógyszeres kezelést folytat”. A vád képtelensége nyilvánvaló, hiszen éppen Dowie volt a legutolsó, aki megtűrte volna a gyógyszereket az „otthonokban”. Dowie igen jó ügyvédet fogadott, aki azonban csak az ügy jogi oldaláról tájékoztatta. Ezért úgy látta jónak, hogy védelmét saját maga képviselje a tárgyaláson, hiszen nála jobban senki sem ismertethette a munkáját.
Dowie szónoki képességei azonban nem tudták megmásítani az istentelen „igazságszolgáltatás” döntését. Meggyőző érvelése ellenére pénzbírságot vetettek ki rá. Ám arra senki sem gondolt, hogy Dowie fellebbezni fog magasabb szinten, hiszen ez sokkal többe kerülne neki, mint maga a bírság. Mégis így történt, s ez a törvényszék már elmarasztalta az első tárgyaláson hozott ítéletet. A pert Dowie nyerte meg.
A város abban reménykedett, hogy majdcsak kedvét szegi, ha folytatják a letartóztatósdit és a bírságolást. Még abban az évben százszor is letartóztatták! A súlyos üldözés ellenére Dowie sohasem csüggedt el - inkább rendkívül rugalmassá tették a nehézségek. Szinte élvezte üldözői szerencsétlenségét és faggatózásukat.
A gonosz mindig megpróbálja üldözni Isten erejét. Dowie azonban természetfeletti biztonságban érezte magát, mert az életében működő isteni hatalomba vetett horgonyt. Ami a mennyből származik, az sohasem hajt térdet a földi előtt.