Küzdelem a legfőbb hatalomért
IV. Jenő valami ürüggyel szinte azonnal elrendelte a zsinat feloszlatását, de a reformot királyok, fejedelmek, püspökök, prelátusok és egyetemek támogatták. A felőlük érkező nyomás hatására a pápa arra kényszerült, hogy teljesen szabad kezet adjon a zsinatnak, és ez újra annak elismerése volt, hogy a pápa van alávetve a zsinatnak (ezt IX. Piusznak sikerült ellenkezőjére változtatnia az I. vatikáni zsinaton).
A zsinat lemondatta IV. Jenőt, és „Isten Egyháza békessége megzavarójának, szimonistának, hamisan esküvőnek, szakadárnak, romlott embernek, a Hit aposztatájának, makacs eretneknek, az egyházi jogok és javak elherdálójának, a római főpapi méltóságra alkalmatlannak és károsnak...” nevezte. (Egyébként a neve ma „Krisztus helytartóinak” névsorában szerepel.) A zsinat nagy bátran a következő határozatot hozta:
"Az egyházi kinevezéseknek ezentúl az egyházi törvénykönyvvel összhangban kell történniük; a szimóniát be kell szüntetni...; minden papnak - bármilyen rangú legyen is - el kell bocsátania ágyasait, és aki e rendelet érvénybe lépésétől számított két hónapon belül nem hajtja végre az ebben megkövetelteket, annak el kell hagynia hivatalát, legyen az akár maga Róma püspöke, akkor is.
...a pápák nem követelhetnek és nem fogadhatnak el pénzösszegeket egyházi hivatalokért. Mostantól fogva a pápáknak nem az evilági, hanem az eljövendő világ javait kell szem előtt tartaniuk."
A gyógyszer túl erősnek bizonyult, és a vélemények özöne a tanács ellen fordult. Az emberek akarták a reformot, de nem ilyen nagyot; a pápa és a Kúria pedig egyáltalán nem kívánt igazi keresztény életet
élni, különösen nem úgy, hogy ezt egy testület ellenőrzi is. Jenő összehívott egy zsinatot Firenzében, kiközösítette és kiátkozta a bázeli zsinaton résztvevőket, „tilalom alá rendelte Bázelt, kiközösítette a főtanácsot, és megparancsolta, hogy fosszák ki a kereskedőket, akik a városba hozzák portékáikat, mert meg van írva: ‘Az istentelen megrontatik az igaztól’ ”. A pápa aztán hatalmas pénzösszeggel vesztegette meg Frigyes császárt, „valamint a birodalmi koronát és a német egyházi javadalmak tizedét ígérte neki, és gyóntatóját teljes hatalommal ruházta fel, hogy kétszer nyilvánosan oldozza fel minden bűne alól”. Ilyen utálatos módon osztogatták a pápák kegyeiket, beleértve a bűnök bocsánatát is.
A bázeli zsinat nem tudta felvenni a versenyt a pápa hatalmával és vagyonával. IV. Jenőnek most már megvolt a támogatás, amire szüksége volt. Von Döllinger szerint: „Jenő teljes győzelmet aratott. Halálos ágyánál a német nagykövet tette tiszteletét, és az eseményt Rómában harangjátékkal és örömtüzekkel ünnepelték (1447. február 7-én). Titkos bullákban még azok a jelentéktelen engedmények is szerepelnek, amit a pápa tett a németeknek”. 1443-ban egy névtelen német katolikus, miközben Krisztust gyászolta, ugyanazokat a látásokat visszhangozta, amiket Isten János apostolnak adott a Jelenések 17-ben:
A római paráznának olyan sok paráznaságtól megrészegedett szeretője van, hogy Krisztus Menyasszonya, az egyház, valamint az őt képviselő zsinat ezer közül egynek is aligha fogja elnyerni odaadó hűségét.
Amikor IV. Jenő haldoklott - jóllehet győzelmet aratott a zsinat és Németország felett - lelkiismerete annyira gyötörte, hogy a következőket mondta: „Mennyivel jobb lett volna lelkem üdvösségére nézve, ha soha nem lettem volna kardinális és pápa!” A következő pápa, V. Miklós (1447-55) hatálytalanította IV. Jenőnek a bázeli zsinat ellen hozott rendelkezését (bár ma mindketten a pápák hivatalos listáján szerepelnek). Ez volt az utolsó esély a pápaság megreformálására, mégsem történt semmi. Rövid időn belül a Kúria szorgos koholmány-kovácsai munkához láttak, hogy megalkossák azokat a hamis dokumentumokat, amelyek hitelesítik a pápák tévedhetetlenségét és legfőbb hatalmát.